El actual edificio de la Comandancia de la Armada, que se encuentra ubicado frente a la Plaza Sotomayor, fue antiguamente la Intendencia de Valparaíso.
En 1906 hubo un gran terremoto en Valparaíso y en esa ocasión se derrumbó el antiguo edificio de la Intendencia, por lo que se tuvo que construir uno nuevo desde ese mismo año.
El arquitecto chileno Ernesto Urquieta fue el encargado de su planificación, inspirándose en el Palacio Consistorial de París y tomando elementos del renacimiento francés y del periodo de Luis XVI. En su interior se construyó una escala de mármol, los muebles se trajeron de París, además se instaló una cúpula y un reloj.
Su construcción finalizó en 1910 y fue inaugurado para el centenario de la República.
Este nuevo edificio albergó los siguientes servicios: Intendencia, Comandancia General de Armas, Dirección de Obras Públicas y Tesorería Fiscal, estos ocupaban los tres primeros pisos y sobre ellos se encontraba la casa del Intendente y un departamento donde se alojaba el Presidente de la República en sus viajes a la región.
En 1973 el edificio fue tomado por la Marina debido al Pronunciamiento Militar (Golpe de Estado) y se utilizó como lugar de detención. Posteriormente se convirtió en sede de la Primera Zona Naval.
En 1979 esta construcción fue declarada Monumento Histórico y todo el sector pasó a ser Zona Típica (Plaza Sotomayor).
La Intendencia empezó a funcionar en un edificio de 19 pisos, ubicado junto a la Plaza Aníbal Pinto, a partir del año 1982 hasta hoy.
